Das Jahr 1799 begann genau wie 1798 endete, in der Ruhe, die allen Stürmen vorausgeht. Frankreich hatte nun sechs „Schwesterrepubliken“ (batavische, cisalpinische und ligurische, helvetische, römische und neapolitanische) und bereitete sich darauf vor, der Zweiten Koalition – diesmal unterstützt von Russland – in Ägypten, in Italien und in Helvetien entgegenzutreten. Da Napoleon Bonaparte weit von Europa entfernt war, nutzten seine Gegner die Gelegenheit, um in vielen Schlachten alles zu erobern und zu zerstören, was die Franzosen in den letzten drei Jahren aufgebaut hatten. Im letzten Drittel des Jahres ließ die österreichisch-russische Bedrohung langsam nach, und Bonaparte ergriff die Macht und setzte eine starke Regierung ein. Damit ging das Jahr 1799 zu Ende, ohne dass eine endgültige militärische Lösung gefunden werden konnte. Erst im Jahr 1800 und den entscheidenden Siegen von Hohenlinden und Marengo gab es Hoffnung, dass das Schießpulver verstummen würde.