Nach der Ausbildung erhielt „Hawkeye“ Lee seinen Dienst und wurde zur 501. Staffel versetzt, die zur Unterstützung des Expeditionskorps nach Frankreich geschickt wurde. Er traf am 10. Mai ein, nur wenige Stunden nach Beginn des Blitzkriegs. Lee eröffnete schnell seine Bilanz und forderte in der ersten Einsatzwoche mehrere Bomber. Nachdem er verwundet worden war, als sein Hurricane nach einem Luftkampf explodierte, wurde Lee kurz ausgeruht, schloss sich aber bald wieder dem Geschwader an, bevor sie zu ihrem ersten Luftschlacht um England-Stützpunkt in Middle Wallop zogen. Lee erzielte mehr beschädigte und zerstörte feindliche Flugzeuge und wurde Ende Juli in den Dispatches erwähnt. Lee musste zum zweiten Mal zu seinem Fallschirm springen. Später erinnerte er sich daran, dass jedes der „Asse“ der Staffel, sogar „Ginger“ Lacey, in diesem Sommer mindestens zweimal abgeschossen worden war. Später wurde Lee zum Geschwader 112 (Shark) versetzt, wo er Curtis Kittyhawks auf Jagd- und Jagdbombereinsätzen in Nordafrika flog, und dann zum Geschwader 260, das im Vorfeld der Schlacht von El Alamein maßgeblich daran beteiligt war, Feinde aufzuspüren und zu vernichten Truppenkolonnen und die Abwehr der noch in der Luft überlegenen Luftwaffe. Im März 1943 begann das 123. Geschwader mit Jagdbombereinsätzen gegen Ziele im Mittelmeerraum. Während eines Angriffs wurde Lee von der Flugabwehr getroffen und musste in einem Olivenhain landen. Er wurde gerade rechtzeitig gefangen genommen und nach Stalagluft III geschickt, um eine Schlüsselrolle bei der Großen Flucht zu spielen.