Die Dornier Do 335A erfüllte nicht alle Anforderungen der Luftwaffe. Erstens war die Cockpitpanzerung zu schwach, was die Maschine von der Rolle eines Jägers ausschloss, der stark verteidigte alliierte Bomber abfing. Daher wurde im Sommer 1944 eine modifizierte Version der Do 335 entwickelt, die mit dem Buchstaben „B“ gekennzeichnet war. Der Hauptunterschied bestand darin, ein gepanzertes Pilotencockpit mit einer neuen, einfacher herzustellenden Windschutzscheibe zu haben. Das Vorderrad hatte einen größeren Reifen. Um es ohne Änderungen an der Fahrwerkschachtkonstruktion einfahren zu können, wurde es beim Einfahren um 45° um die Beinachse gedreht. Die übrige Ausrüstung und Bewaffnung sollte mit der Do 335A-1 identisch sein. Die entwickelte Version erhielt die Bezeichnung Do 335B-1, wurde jedoch schnell zugunsten der schwer bewaffneten Versionen B-2 und B-3, bekannt als Zerstörer, aufgegeben. Die Prototypen der Version B-2 waren Do 335M-13 und M-14, angetrieben wie die A-1 von den Motoren DB 603E (vorne) und DB-603QE (hinten), jedoch mit deutlich verstärkter Bewaffnung. Die 15-mm-MG 151/15-Kanonen über dem Motor wurden durch ein 20-mm-MG 151/20 ersetzt und die Flügel wurden mit zwei 30-mm-MK 103-Kanonen mit 70 Schuss pro Lauf ausgestattet. Die gleiche Kanone feuerte durch die Propellerachse.