Während des Zweiten Weltkriegs waren eine Reihe von Industriezweigen in Dundee für die Kriegsanstrengungen von Bedeutung. Die Juteindustrie, die zuvor die lokale Wirtschaft dominiert hatte, hatte in den 1930er Jahren stark gelitten. Der Krieg gab der Industrie jedoch einen vorübergehenden Aufschwung, da das Material für die Verwendung in Sandsäcken stark nachgefragt wurde. Auch die Schiffbauindustrie war wichtig, da die Caledon Yards während des gesamten Krieges gut besucht waren. Die Werft rüstete zu Beginn des Krieges zwei polnische U-Boote um und baute eine Reihe von Fregatten der Castle- und Loch-Klasse sowie eine Reihe von Handelsschiffen. Aufgrund seiner strategischen Bedeutung ging man davon aus, dass Dundee ein offensichtliches Ziel für die Luftwaffe sein würde. Glücklicherweise kam Dundee jedoch relativ unbeschadet davon und die Stadt selbst wurde nur vierundzwanzig Mal bombardiert. Dundee spielte auch eine bedeutende Rolle im Seekrieg, da die Stadt einen großen U-Boot-Stützpunkt der Royal Navy, die HMS Ambrose, beherbergte. Infolgedessen wurden Seeleute zu einem wichtigen Teil der Kriegsszene in Dundee und kamen nicht nur aus Großbritannien und seinem Empire, sondern auch aus Frankreich und Norwegen. Sehr viele Männer und Frauen aus Dundee dienten während des Krieges und in der Stadt in den Streitkräften erlitten viele Verluste, aber viele erhielten aufgrund ihrer Tapferkeit auch Auszeichnungen. Unter ihnen war Wing Commander Gordon Hugh Malcolm, der den ersten VC der RAF für seinen Einsatz in Nordafrika erhielt.