Gegen Ende seiner Karriere als Schiffsarzt stimmte er 1817 einer dreijährigen Anstellung auf St. Helena zu. Stokoe machte sich 1817 auf der HMS Conqueror auf den Weg nach St. Helena. Auf St. Helena kam es nach der umstrittenen Entscheidung des Gouverneurs, Generalleutnants Sir Hudson Lowe, Napoleons Arzt Barry O'Mara zu entlassen, zu Unstimmigkeiten. Ungefähr zu dieser Zeit bat Napoleon darum, dass Mr. Stokoe, der ihn einst behandelt hatte und von dem er wusste, dass er nach St. Helena zurückkehren würde, ihn erneut behandeln möge, oder ob der Gouverneur einem anderen englischen Arzt erlauben würde, zu kommen, vorausgesetzt, er unterschreibe ähnliche Bedingungen wie zuvor von Stokoe in der Vergangenheit akzeptiert.' Unmittelbar danach kam Herr Stokoe in St. Helena an, wurde verhaftet und in verschiedenen Anklagepunkten – insgesamt sieben – vor Gericht gestellt. Das Ganze wurde als erwiesen befunden. Die dritte Anklageschrift lautete: „Dass er ein Papier unterzeichnet hatte, das vorgab, ein Bulletin über den Gesundheitszustand von General Bonaparte zu sein, und es entgegen den Anweisungen an den General und seine Begleiter weitergegeben hatte“, und die siebte: „Dass er gegen seine Pflicht verstoßen hatte, und der Charakter eines britischen Marineoffiziers, der General Bonaparte oder seinem Diener eine berüchtigte und verleumderische Anschuldigung gegen Generalleutnant Sir Hudson Lowe mitteilte. usw. von Barry O’Meara, dem verstorbenen Chirurgen der Royal Navy“ (ebenfalls inzwischen entlassen), „was darauf hindeutet, dass Sir Hudson Lowe mit dem besagten O’Meara geübt hatte, um ihn dazu zu bewegen, der Existenz von General Bonaparte ein Ende zu setzen.“ Obwohl Stokoe aus der Marine entlassen wurde, erhielt er die Hälfte seines Gehalts. Über Stokoes Behandlung lehnte Napoleon wütend die künftigen Dienste britischer Ärzte ab. Dieses Buch ist Stokoes eigene Verteidigung, ein weiteres Buch mit vernichtenden Beweisen gegen den berüchtigten Gouverneur – Sir Hudson Lowe.